بن افلک در ۱۵ اوت ۱۹۷۲ در برکلی، کالیفرنیا به دنیا آمد اما در شهر کمبریج ماساچوست بزرگ شد. وی برادر بزرگتر کیسی افلک بازیگر سینما است. همچنین سامر فونیکس همسر برادر اوست.